خرید و دانلود نسخه کامل کتاب Molecular modelling: principles and applications

توضیحاتی در مورد کتاب

پیشگفتار ویرایش دوم انگیزه این ویرایش دوم تمایل به گنجاندن برخی از تکنیک‌های جدیدی است که در سال‌های اخیر پدیدار شده‌اند و همچنین دامنه کتاب را به حوزه‌هایی که کمتر معرفی شده‌اند (حتی نادیده گرفته شده‌اند) را در بر می‌گیرد. چاپ اول در این جلد دوم سه موضوع وجود دارد که در دسته اول (نظریه تابعی چگالی، بیوانفورماتیک/ تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین و شیمی‌انفورماتیک) و یک حوزه اصلی در دسته دوم (مدل‌سازی حالت جامد) قرار می‌گیرند. علاوه بر این، البته، نسخه جدید فرصتی را برای نگاه انتقادی به متن و سازماندهی مجدد و به روز رسانی مطالب فراهم می کند. بنابراین، در حالی که از چاپ اول چیزهای زیادی باقی مانده است، و این کتاب دوم تقریباً همان مسیر را از طریق موضوع دنبال می کند، خوانندگانی که با چاپ اول آشنا هستند، تغییراتی را پیدا خواهند کرد که امیدوارم آنها موافق باشند برای بهتر شدن. مانند نسخه اول، ما در ابتدا مکانیک کوانتومی را در نظر گرفتیم، اما اکنون به دو فصل تقسیم شده است. بنابراین فصل 2 مقدمه ای بر رویکردهای اولیه و نیمه تجربی همراه با چند نمونه از کاربردهای مکانیک کوانتومی ارائه می دهد. فصل 3 جنبه های پیشرفته تری از رویکرد ابتکاری، نظریه تابعی چگالی و مسائل خاص حالت جامد را پوشش می دهد. مکانیک مولکولی موضوع فصل 4 است و سپس در فصل 5 ما به حداقل رساندن انرژی و سایر تکنیک های “استاتیک” را در نظر می گیریم. فصل های 6، 7 و 8 به دو روش اصلی شبیه سازی (دینامیک مولکولی و مونت کارلو) می پردازند. فصل 9 به تجزیه و تحلیل ساختاری مولکول‌های “کوچک” اختصاص دارد، اما همچنین شامل برخی موضوعات (مانند تجزیه و تحلیل خوشه‌ای، تجزیه و تحلیل اجزای اصلی) است که به طور گسترده در انفورماتیک استفاده می‌شود. در فصل 10 مشکلات پیش بینی ساختار پروتئین و تاخوردگی پروتئین در نظر گرفته شده است. این فصل همچنین شامل مقدمه ای بر برخی از روش های پرکاربردتر در بیوانفورماتیک است. در فصل 11 ما از مطالب فصل های قبلی در بحث در مورد محاسبات انرژی آزاد، مدل های حلال پیوسته و روش هایی برای شبیه سازی واکنش های شیمیایی و نقص در جامدات استفاده می کنیم. در نهایت، فصل 12 به مدل‌سازی و تکنیک‌های شیمی‌انفورماتیک برای کشف و طراحی مولکول‌های جدید، از جمله جستجوی پایگاه داده، اتصال، طراحی de novo، روابط کمی ساختار-فعالیت و طراحی کتابخانه ترکیبی مربوط می‌شود. همانطور که در نسخه اول، سرعت غیرقابل اجتناب تغییر به این معنی است که آنچه در حال حاضر به عنوان “لبه برش” در نظر گرفته می شود به زودی به یک امر عادی تبدیل خواهد شد. بنابراین، این مثال‌ها عمدتاً به این دلیل انتخاب می‌شوند که نظریه زیربنایی را روشن می‌کنند، نه به این دلیل که اولین کاربرد یک تکنیک خاص هستند یا جدیدترین روش‌های موجود هستند. به همین ترتیب، در چنین مجلدی حتی تلاش برای پوشش دادن همه چیز غیرممکن است و بنابراین بدون شک حوزه هایی وجود دارند که کمتر بازنمایی شده اند. این یک گزارش تاریخی قطعی یا مروری بر وضعیت فعلی نیست. بنابراین، در حالی که من سعی کرده ام بسیاری از منابع ادبی را درج کنم، ممکن است به نظر برسد که اختراع برخی از تکنیک ها به اشتباه نسبت داده شده است یا ممکن است یک برنامه “کلاسیک” وجود نداشته باشد. یک اصل راهنمای کلی، تمرکز بر روی آن دسته از تکنیک‌هایی بوده است که به‌جای تکنیک‌هایی که در حوزه یک گروه تحقیقاتی خاص هستند، مورد استفاده قرار می‌گیرند. علیرغم این اخطارها، امیدوارم که پوشش برای ارائه مقدمه ای محکم به حوزه های اصلی کافی باشد و همچنین آن دسته از خوانندگانی که “متخصص” هستند، چیز جدیدی برای علاقه مندی آنها پیدا کنند.